As duas palavras estão corretas e têm o mesmo significado: Introduzir tudo em canal de um paciente.
Porém, o termo mais usado é Entubar.
Dicionário Aurélio
[Medicina] Introduzir tubo em paciente, de modo que ele receba ar (por meio da traqueia) ou alimento (por meio do esôfago).
[Medicina] Tratar por intubação: Intubar a laringe.
Dicionário Mchaelis
Introduzir tubo em canal ou cavidade de paciente.
vtd Ventubar.