Lembrando que protocolo são os meios, a receita de como se fazer algo. Não é um programa! Quando um programa é criado baseado em um protocolo dizermos que esse programa é uma implementação daquele protocolo.
Então:
AFP é a abreviação para Protocolo de arquivamento da Apple(Apple Filing Protocol). Aqui estamos logicamente falando de Apple.
Netatalk é a implementação do protocolo AFP, ou seja, é um programa criado que usa esse protocolo. É um programa free e opensource.
Para que Server Netatalk?
netatalk permite que computadores Linux(ou derivados Unix) funcionem como servidores de arquivos para Macintosh.
Fonte: wikipedia
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